1. Аппарат управления
1. Дирекция
2. Отдел кадров (ОК)
3. Планово-экономический отдел (ПЭО)
4. Бухгалтерия (БУХ)
5. Отдел материально-технического снабжения и закупок (ОМТС)
6. Административно-хозяйственный отдел (АХО)
7. Служба по охране труда и технике безопасности (ТБ)
8. Штаб гражданской обороны (ГО)
9. Главные специалисты АУП
2. Научно-исследовательские подразделения
1. Научно-исследовательский отдел рукописей (НИОР)
2. Научно-исследовательский отдел редкой книги (НИОРК)
3. Научно-исследовательский отдел консервации и реставрации библиотечных фондов (НИОКиРФ)
- Сектор химико-биологических исследований
- Сектор консервации библиотечных фондов
4. Научно-исследовательский отдел библиографии и библиотековедения (НИОБиБ)
- Сектор библиографии
- Сектор библиотековедения
5. Научно-исследовательский отдел информатики и автоматизации (ОИА)
- Сектор электронного каталога
- Сектор веб-технологий и фактографических баз данных
6. Научно-исследовательский отдел литературы стран Азии и Африки (ОЛСАА)
7. Отдел научной систематизации литературы (ОНСЛ)
- Сектор естественных и технических наук
- Сектор социально-экономических и гуманитарных наук
- Сектор организации систематического каталога
8. Научно-исследовательский отдел изданий Академии наук (ОИАН)
- Сектор Академического собрания
- Сектор Бронированного фонда
3. Информационно-библиотечные подразделения ЦБ
1. Отдел научной обработки литературы (ОНОЛ)
- Сектор обработки документов обязательного экземпляра
- Сектор обработки книг дополнительного комплектования
- Сектор обработки иностранной литературы
- Сектор обслуживания читателей
- Сектор организации Генерального алфавитного каталога
2. Справочно-библиографический отдел (СБО)
- Сектор организации фонда и каталогов
- Сектор справочно-библиографического обслуживания
- Сектор обслуживания электронными информационными ресурсами
3. Отдел фондов и обслуживания (ОФО)
- Организационно-технологический сектор
- Сектор иностранного фонда
- Сектор фонда отечественных монографий
- Сектор фонда отечественных сериальных изданий
- Сектор Славянского фонда
- Сектор газетного фонда
- Сектор литературы русского зарубежья
- Сектор картографии
- Сектор диспетчеризации читательских требований
- Сектор главного читального зала
- Сектор абонементов и электронной доставки документов
- Сектор выставки новых поступлений
4. Отдел комплектования библиотечных фондов (ОКБФ)
- Сектор комплектования электронными информационными ресурсами
- Сектор комплектования фондов обязательным экземпляром
- Сектор комплектования фондов отечественными изданиями
- Сектор комплектования фондов иностранными изданиями
- Сектор международного и внутригосударственного книгообмена
5. Отдел ретроспективного комплектования и обменно-резервного фонда (ОРКОРФ)
6. Отдел информационного и компьютерного обеспечения (ОИКО)
- Сектор информационного обслуживания
- Сектор компьютерного обеспечения
7. Отдел предварительной обработки литературы (ОПОЛ)
4. Редакционно-издательские подразделения
1. Редакционно-издательский отдел (РИО)
5. Информационно-библиотечные подразделения БАН при НИУ
1. Сектор БАН при Санкт-Петербургском филиале Федерального государственного бюджетного учреждения науки Институт истории естествознания и техники им. С.И. Вавилова Российской академии наук (ФИИЕТ)
2. Сектор БАН при Санкт-Петербургском филиале Федерального государственного бюджетного учреждения науки Архив Российской академии наук (Архив РАН)
3. Сектор БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт геологии и геохронологии докембрия Российской академии наук (ИГГД)
4. Сектор БАН при Институте озероведения Российской академии наук – обособленном структурном подразделении Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Санкт-Петербургский Федеральный исследовательский центр Российской академии наук» (ИОЗ)
5. Сектор БАН при Социологическом институте РАН - филиале Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральном научно-исследовательском социологическом центре Российской академии наук (СИ РАН)
6. Сектор БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт проблем региональной экономики Российской академии наук (ИПРЭ)
7. Сектор БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт цитологии Российской академии наук (ИНЦ)
8. Сектор БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова Российской академии наук (ИЭФБ)
9. Сектор БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт прикладной астрономии Российской академии наук (ИПА)
10. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Санкт-Петербургский институт истории Российской академии наук (СПбИИ РАН)
11. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера) Российской академии наук (МАЭ)
12. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Физико-технический институт им. А.Ф. Иоффе Российской академии наук (ФТИ)
- Сектор фондов и обслуживания
- Сектор каталогизации и информационно-библиографической работы
- Сектор научной библиотеки ФТИ в Шувалово
13. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт высокомолекулярных соединений Российской академии наук (ИВС)
14. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Ордена Трудового Красного Знамени Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова Российской академии наук (ИХС)
15. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Санкт-Петербургское отделение Математического института им. В.А.Стеклова Российской академии наук (ПОМИ)
16. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Главная (Пулковская) астрономическая обсерватория Российской академии наук (ГАО)
17. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Ботанический институт им. В. Л. Комарова Российской академии наук (БИН)
18. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Зоологический институт Российской академии наук (ЗИН)
- Сектор комплектования и организации каталогов
- Сектор организации фондов и обслуживания читателей
19. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт физиологии им.И.П.Павлова Российской академии наук (ИФ РАН)
- Сектор в городском отделении ИФ РАН
- Сектор при ИФ РАН в Колтушах
20. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт русской литературы (Пушкинский Дом) Российской академии наук (ИРЛИ)
- Сектор библиотечно-библиографического обслуживания
- Сектор обработки и организации каталогов
21. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт истории материальной культуры Российской академии наук (ИИМК)
22. Отдел БАН при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институт лингвистических исследований Российской академии наук (ИЛИ)
6. Научно-вспомогательные подразделения
1. Сектор музейно-выставочной и архивной работы (МВАР)
2. Сектор организации работы с подразделениями БАН при НИУ (Орг. сеть)
3. Сектор библиотечных технологий (СБТ)
7. Производственные, хозяйственные и другие вспомогательные подразделения
1. Отдел оперативной печати и переплета изданий (ОПП)
2. Хозяйственный отдел (ОХО)
3. Служба электрографического копирования (Служба копирования)
4. Отдел имущественных отношений (ОИО)
5. Эксплуатационно-технический отдел (Техотдел)
- Служба по ремонту и эксплуатации зданий
- Служба теплоснабжения зданий
6. Служба электроснабжения (СЭлек)
7. Служба комплексной безопасности БАН
- Противопожарная служба
- Служба дежурно-диспетчерская
- Служба пропускного и внутриобъектового режима